国务院三峡办由原三峡工程建设委员会办公室、国务院三峡工程建设委员会移民开发局、国务院三峡工程建设委员会监察局合并组建而成，是国务院三峡工程建设委员会的办事机构，具体负责国务院三峡建委的日常工作。国务院三峡办现设有综合司(信访办公室)、资金计划司、移民安置规划司、技术与装备司、经济技术合作司、外迁协调司、水库管理司、稽察司、监察局等九个机构。